1986年普罗斯特卫冕成功，但是，就车队而言，拥有本田发动机和曼塞尔、皮奎特组合的威廉姆斯车队显然更加强大 。1988年，拥有普罗斯特, 塞纳以及本田发动机的迈凯伦空前强大，完全主宰了赛场 。赢取了赛季全部16场比赛中的15场 。塞纳为迈凯伦赢得1985年以来的首个车队桂冠，下一年普罗斯特为车队卫冕车手和车队冠军 。由于两名队友交恶，赛季结束后普罗斯特转投法拉利，塞纳则留在队中，接下来连续两年为迈凯轮夺得车手锦标 。1992年本田退出，车队被迫使用性能相对较差的福特发动机 。1993年塞纳为迈凯伦再夺五场胜利，之后转投威廉姆斯 。
1994年标志发动机取代了福特引擎，但接下来的战役是灾难性的，整个赛季一无所获 。1995年，迈凯伦换成了后来仍在使用的梅赛德斯引擎 。随后两年里仍然毫无收获 。此后，库尔特哈德打破僵局，为车队带来了继1993年塞纳在澳大利亚大奖赛取胜之后的首场胜利，而且库尔特哈德的获胜恰巧也是澳大利亚取得的 。车手阵容强大，但梅赛德斯发动机的可靠性很差，以致库尔特哈德和哈基宁屡次与胜利擦肩而过 。库尔特哈德终于在意大利大奖赛中再次获胜，并且1997 年在赫雷斯赛道的比赛中威廉姆斯车队的维纶纽夫赛车发生故障，哈基宁得以超过他夺取了个人的首次胜利 。
1998年的F1赛场再次成为迈凯伦的天下 。哈基宁和库尔特哈德当仁不让，以压倒性优势连夺最初六场赛事中的五场胜利 。法拉利和迈克尔.舒马赫与迈凯伦一直战斗到赛季的最后时刻，但迈凯伦再次问鼎，把车队和车手总冠军双双捧回 。99赛季喜忧参半 。尽管迈凯伦仍然优势明显，但法拉利和迈克尔.舒马赫不断缩小与他们的差距 。在本世纪的最后一年里，机械故障、车手错误、纯粹的运气不佳等等因素大大地阻碍了迈凯伦 。最后一场比赛中法拉利以微弱的优势摘走了车队桂冠，但哈基宁在车手个人争夺中成功卫冕 。
2000赛季一开始，法拉利就统治了F1赛场 。而迈凯伦则在发动机低劣的可靠性中挣扎 。库尔特哈德在巴西大奖赛上取得第二名，但随后成绩因违反技术规则而被取消成绩 。2001赛季第三场比赛结束之后，迈凯伦认识到击败实力大增的法拉利将是难上加难 。尽管库尔特哈德向其德国对手发起了无畏的挑战，但苏格兰人还是被远远地抛在了后边获得车手积分榜上的第二名 。与此同时，经历了令人失望的一年之后，两届世界冠军哈基宁宣布将在2002年退役，而此前他说自己只会休整一年而已 。他的同胞芬兰人莱科宁取代哈基宁的位置，这位年轻车手选择了离开索伯车队并与迈凯伦签下了长期合同 。在一场比赛中，由于赛道出现了其他赛车流出的机油使这位年轻的车手所驾迈凯伦赛车在通过这个区域时轮胎与地面失去摩擦，从而丧失了夺取个人首场胜利的机会 。在车队积分榜中迈凯伦名次再次下跌排在法拉利和威廉姆斯之后名列第三，那个赛季又是失望的一年 。
2003年，莱科宁和库尔特哈德不得不使用在MP4-17的基础上改进而来的赛车征战整个赛季，原因是他们的新款赛车无法投入战斗 。在这种不利的条件下，莱科宁仍在车手大战中仅以两分之差名列第二 。但迈凯伦车队却没能超过2002年打败它的两支车队，再一次名列第三 。
2004 近年连最糟糕的开局--前七站仅积五分 。然后是强烈的反弹，莱科宁在比利时获胜，车队最终排名第五 。
2005 MP4-20赛车是2005赛季最快的赛车 。迈凯轮一共赢得了10个分站赛的冠军，比雷诺车队还多两个，但是赛车糟糕的可靠性使迈凯轮车队与冠军失之交臂 。莱科宁获得车手亚军，而其队友蒙托亚因肩伤错过两站比赛，最终获得了第四 。
