标记基因位于质粒启动子下游的多克隆位点上 。标记基因具有已知功能或已知序列 ， 能够起到特异性标记的作用 。在基因工程中，它是重组DNA载体的重要标记，常用于检验转化的成功与否 。在基因定位方面，它是对目的基因进行标记的工具，通常用来检测目的基因在细胞中的定位 。
【标记基因位于哪里】通过将可定位检测的标记基因与目的基因进行连锁，一旦成功转化目的基因且该基因成功表达 ， 就可以间接地对它进行定位 。另外，如果已知目的基因周边序列 ， 可以设计插入可标记基因的引物来检测该标记基因，并通过此间接地对目的基因进行定位 。
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