台式显微镜,主要是指传统式的显微镜,是纯光学放大，其放大倍率较高，成像质量较好，但一般体积较大,不便于移动,多应用于实验室内,不便外出或现场检测 。
便携式显微镜
便携式显微镜,主要是近几年发展出来的数码显微镜与视频显微镜系列的延伸 。和传统光学放大不同,手持式显微镜都是数码放大,其一般追求便携,小巧而精致,便于携带;且有的手持式显微镜有自己的屏幕,可脱离电脑主机独立成像,操作方便,还可集成一些数码功能,如支持拍照,录像,或图像对比,测量等功能 。
数码液晶显微镜 ， 最早是由博宇公司研发生产的 ， 该显微镜保留了光学显微镜的清晰，汇集了数码显微镜的强大拓展、视频显微镜的直观显示和便携式显微镜的简洁方便等优点 。
扫描隧道显微镜
扫描隧道显微镜亦称为扫描穿隧式显微镜、隧道扫描显微镜，是一种利用量子理论中的隧道效应探测物质表面结构的仪器 。它于1981年由格尔德宾宁（G．Binning）及海因里希罗雷尔（H．Rohrer）在IBM位于瑞士苏黎世的苏黎世实验室发明，两位发明者因此与恩斯特鲁斯卡分享了1986年诺贝尔物理学奖 。
它作为一种扫描探针显微术工具，扫描隧道显微镜可以让科学家观察和定位单个原子，它具有比它的同类原子力显微镜更加高的分辨率 。此外，扫描隧道显微镜在低温下（4K）可以利用探针尖端精确操纵原子 ， 因此它在纳米科技既是重要的测量工具又是加工工具 。
STM使人类第一次能够实时地观察单个原子在物质表面的排列状态和与表面电子行为有关的物化性质，在表面科学、材料科学、生命科学等领域的研究中有着重大的意义和广泛的应用前景，被国际科学界公认为20世纪80年代世界十大科技成就之一 。
发展历史
早在公元前一世纪，人们就已发现通过球形透明物体去观察微小物体时 ， 可以使其放大成像 。后来逐渐对球形玻璃表面能使物体放大成像的规律有了认识 。
1590年，荷兰ZJansen(詹森)和意大利人的眼镜制造者已经造出类似显微镜的放大仪器 。
1611年，Kepler(克卜勒)：提议复合式显微镜的制作方式 。
1665年，RHooke(罗伯特胡克)：「细胞」名词的由来便由胡克利用复合式显微镜观察软木的木栓组织上的微小气孔而得来的 。
1674年，AVLeeuwenhoek(列文虎克)：发现原生动物学的报导问世，并于九年后成为首位发现「细菌」存在的人 。
1833年，Brown(布朗)：在显微镜下观察紫罗兰 ， 随后发表他对细胞核的详细论述 。
1838年 ， SchliedenandSchwann(施莱登和施旺)：皆提倡细胞学原理，其主旨即为「有核细胞是所有动植物的组织及功能之基本元素」 。
1857年，Kolliker(寇利克)：发现肌肉细胞中之线粒体 。
1876年，Abbe(阿比)：剖析影像在显微镜中成像时所产生的绕射作用，试图设计出最理想的显微镜 。
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79年，Flrmming(佛莱明)：发现了当动物细胞在进行有丝分裂时，其染色体的活动是清晰可见的 。
1881年 ， Retziue(芮祖)：动物组织报告问世，此项发表在当世尚无人能凌驾逾越 。然而在20年后 ， 却有以Cajal(卡嘉尔)为首的一群组织学家发展出显微镜染色观察法 ， 此举为日后的显微解剖学立下了基础 。
1882年，Koch(寇克)：利用苯安染料将微生物组织进行染色，由此他发现了霍乱及结核杆菌 。往后20年间，其它的细菌学家 ， 像是Klebs和Pasteur(克莱柏和帕斯特)则是藉由显微镜下检视染色药品而证实许多疾病的病因 。
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