《使徒行者2》的故事实际上是第一部的前传 。该剧讲述了一名警察被害后展开的一系列行动，旨在拯救卧底，并揭露警局背后黑手的真相 。这两部剧实际上是以倒叙方式呈现的，讲述了卓凯和他与之一起潜伏在泰国毒枭手下剿灭毒贩的行动 。
2010年10月，卓凯前往泰国与他的卧底警察们碰头，他们的行动结束后准备离开泰国时，一场爆炸导致所有卧底被困在那里，而卓凯因为接了一个电话与卧底们分离，幸运地逃过一劫 。这次事件成为他一生中最大的污点和心理阴影 ， 甚至连他自己都对自己产生了怀疑 ， 他的上司也对他充满怀疑 。回到香港后，警局对他展开了调查并吊销了他的职位 。卓凯的好朋友也在不明原因下被害，只剩下一个女警郑淑梅是他的手下 ， 但她还没有完全成为一个合格的卧底 。并且黎瑞权手下的卧底资料也被删除了 。要揭开黎瑞权被害的真相，就需要找出所有这些卧底，这也是卓sir等人面临的最大难题 。
【使徒行者2和第一部有什么关联】卓凯和郑淑梅开始了寻找卧底的全面行动，途中与长兴坐馆魏德信产生了交集，最终揭示了警局最大的黑警和黑恶势力联手牟取暴利的幕后真相 。
