临床上做肺部纤维支气管内镜，主要借助其他影像学检查，对疾病诊断不够明确，或需要使用内镜进行进一步的检查明确诊断 。如肺部有占位性病变，这时通过CT甚至PET-CT，无法分辨精确肺部占位性病变性质，这时可作肺部纤支镜下，取占位病变的活组织，做病理检查，明确是良性病变，还是恶性病变，以便及时治疗 。
【为什么要做肺部纤支镜】另外对于肺部的严重感染，如有结核分枝杆菌感染，这时肺部有些病灶，有包裹甚至有脓肿，服用抗结核药物效果无法达到满意，这时可通过支气管纤维内镜，直接将抗结核药物注射到肺部的脓肿内，不停灌洗及再注射药物，定期复查，更能够将病灶杀灭，从而促进疾病康复 。
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