R数据分析:孟德尔随机化实操( 二 )


就是通过漏斗图一看都是所有的工具变量都是呈漏斗分布的 , 就说明没有偏向 , 这个时候我们认为定向多效性都被冲掉了 , 不影响 。
好 , 解释了上面的一些术语之后 , 我们实操一波 。
实操最基本的例子:BMI on CHD的例子 , 我想看一下BMI作为暴露 , CHD作为结局的mr , 代码就4条:
bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')chd_out_dat <- extract_outcome_data(snps = bmi_exp_dat$SNP, outcomes = 'ieu-a-7')dat <- harmonise_data(bmi_exp_dat, chd_out_dat)res <- mr(dat)结果如下 , 下图中有不同方法出来的我们关心的小b:

R数据分析:孟德尔随机化实操

文章插图
这个就算做完了 , 就这么简单快速 。
接下来就是敏感性分析 , 首先是各个工具变量的异质性检验:
mr_heterogeneity(dat)运行代码后可以得到Cochran’s 

经验总结扩展阅读