不过人们对转基因技术的最大的担忧还是来自对环境的影响方面 。有人认为，外源基因的导入可能会造就某种强势生物，从而破坏原有生物种群的动态平衡和生物多样性 。1995年，加拿大首次商业化种植了通过基因工程改造的转基因油菜 。但在种植后的几年里，其农田便出现了对多种除草剂具有耐抗性的野草化的油菜植株 ， 即超级杂草 。如今 ， 这种杂草化油菜在加拿大的草原农田里已非常普遍 。这种能够同时抵御三种除草剂的野草化的油菜不但很难铲除，而且还会通过交叉传粉等方式，污染同类物种，使种质资源遭到破坏 。另据英国《新科学家》报道，该国曾出现植入了抗虫基因的转基因土豆抵御咀嚼型害虫却不能抵御吸食型昆虫如蚜虫的情形 。原因是植入了某种能产生豇豆胰蛋白酶阻滞剂的基因却可能降低了某种配糖生物碱的水平，而后者的味道对于许多哺乳动物和昆虫来说是极其难闻的 。
还有一种忧虑是经济方面的 。一些专家指出，国际上几家大公司控制着这种技术，它们关注的是商业利益，并不是真心实意为第三世界创造出增加产量的作物 ， 有时甚至利用转基因种子和作物的专利权把发展中国家的农民逼入困境 。由于欧洲公众的抵制，今年美国不得不减少转基因作物的种植，其中转基因棉花和玉米面积各减少8%，转基因大豆面积减少5% 。
三、外来物种入侵
除人为制造的新物种外 ， 外来物种的入侵也能对环境造成巨大危害 。所谓外来物种有两层含义：第一，物种必须是外来的、非本土的；第二 ， 该外来物种能在当地的自然或人为生态系统中定居、自行繁殖和扩散，最终明显影响当地生态环境，损害当地生物多样性 。入侵的外来物种会破坏景观的自然性和完整性，摧毁生态系统，危害动植物多样性，影响遗传多样性 。外来物种有3种成功的入侵途径 。即有意识引进、无意识引进和自然入侵 。有意识引进最初主要是出于农林牧渔增产、景观美化、生态环境改造与恢复、观赏等目的，但是有的物种引进以后可能“演变”为入侵物种；靠自身的扩散传播力或借助于自然力而传入 ， 属于自然入侵；无意识的引入是随贸易、运输、旅游等活动而传入 。
【广义生物安全包括的内容,生物环境的简介】经济贸易的全球化和旅游业的发展正在为外来物种长距离的迁移与入侵、传播与扩散到新的生存环境中创造便利条件 。20世纪70年代作为猪饲料引进的水葫芦(凤眼莲)，在我国滇池疯长成灾，导致其他水生生物大量死亡，使滇池污染治理难上加难；原产南美亚马孙河流域的瓶螺，1987年被人为引入四川养殖，结果在泸州等地形成田间自然种群，危害水稻和其他水生农作物，对当地水生贝类、水生植物造成严重威胁 。目前，外来物种入侵已成为全球性的环境问题 。据统计 ， 美国每年因外来物种入侵造成的经济损失高达1500亿美元，印度每年的损失为1300亿美元，南非为800亿美元 。我国因外来物种入侵造成的损失也相当惊人，每年几种主要外来入侵物种造成的经济损失达574亿元人民币，仅每年对美洲斑潜蝇一项的防治费用，我国就需4.5亿元 。
四、生物安全管理
在转基因产品管理方面，由于各国的历史文化传统、宗教信仰以及现实利益不同，对转基因产品的态度和管理方式也就不一样，但大体上可以分为美国和欧盟两种模式：美国政府对转基因食品的管理相对宽松 ， 欧盟则要严格、复杂得多 。双方的区别主要在于：欧洲国家认为，只要不能否定转基因食品的危险性，就应该加以限制 。而美国则主张，只要在科学上无法证明其危险性，就不应该限制 。因此欧盟要求对销售到其市场上的转基因食品贴转基因标签 ， 以维护公众的知情权和选择权 。而美国作为世界上最大的GM食品生产和消费国，为了更广泛地占领国内外市?。?对于GM食品，不主张采用贴标识的办法，只要求开发商在转基因食品进入市场之前至少120天，向FDA(食品与药品管理局)提出申请并提供此类食品的相关研究资料，以确认该食品与相应的传统产品具有同等的安全性 。但它们在转基因作物的种植阶段管理比较严格，规定即使是风险还不明显的小规模种植，投入田间试验的转基因作物也需接受FDA、EPA(国家环保局)等部门的安全性评估 。同时还规定转基因作物要在空间和时间上与其他作物分开，如抗虫的转基因玉米必须种植在离其他玉米400米以上的地方，种植时间也要与其他农作物错开2周 。欧盟法律明确向世界宣布它不欢迎转基因产品，并极力主张对转基因产品采取“预先预防态度” ， 没有得到官方的授权，转基因产品就不能投放到欧盟市场 。
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