很具体，归结起来就是两点：
1，目标点不同；
2 ， 河道不同 。
隋朝的大运河 ， 是以东都洛阳为核心，向两个方向延伸，一条是永济渠，沟通原有的河道，天然河道和历史上已有的运河，直通涿郡，其目的是贯穿当时的农业经济中心——河北地区，以运河水运来运载沿线的财富储备，同时，面向东北方向 ， 保障未来对高句丽战争的后勤 。
另一条是通济渠，也是利用原有的河道，沟通淮水，又疏浚邗沟和江南河，以接收淮南、江南财富 ， 并便于镇抚江南 。
我们知道，早在战国到南北朝之间，前后开凿了大量的运河，隋朝的大运河，其实就是在这些渠道的基础上建成的 。
从今天北京副中心通州起 ， 可乘船顺潞水由泉州渠（曹操筑，南起今天津市区以东的海河，北抵今宝坻县境大致相当古鲍丘水下游的今蓟运河）到沟河口入海 ， 再进入泒河，经过平虏渠（曹操筑，上起呼沲，即滹沱河，下入弧水，其上游为沙河，下游入海处在今天津），入漳水，经过利漕渠（曹操筑 ， 自今河北曲周县南,东南至大名县西北、馆陶县西南注入白沟）和白沟（白沟又名宿胥渎，它是黄河南徙、从宿胥口（大致在今浚县新镇之南）改向东流后，在它故道上的河流 ， 曹操遏淇水入白沟，以通安阳河）而入黄河，进入汴渠上游，沿蒗荡渠（故道自今河南荥阳市北广武镇北引黄河水东流，经中牟县北，至开封市东南 。折而南流经通许县东、太康县西 ， 至淮阳县东南流于沈丘县北入颍水 。魏、晋以后，开封以上河段称汴水，开封以下河段称蔡水）而下，由颍水入汝水，再由汝水的支流舞水入泚水 ， 入淯水，入汉水，入扬口渠（西晋初，杜预镇襄阳，在春秋楚国运河基础上，开扬口（今湖北潜江境内），穿渠西至今湖北省江陵市，连通江、汉二水），入长江，入洞庭湖，入湘水，过灵渠（位于广西桂林市兴安县境内），入漓水 ， 入西江，沿西江可达番禺城；或由江陵溯长江达巴蜀，以通西南 。
说了这么多，实质上，这个时代的运输中心地段，仍是中原地区 ， 涿郡也就是后世的北京只是末梢 。
而元代的运河，北京才是中心 。
注意元朝时候黄河的流向 ， 与隋朝完全不同，元朝时黄河抢淮入海，等于运河借用了一部分黄河的河道，而且直接由山东通过，不再西行，完成了一定程度的取直，比隋唐大运河里程减少了900多公里 。
这个取直工程里，会通河、济州河为新开挖河道，前者由东平路须城县(今山东东平)安山西南 ， 至临清抵达御河（今卫河），后者由东平到济宁，后来也被称为会通河的一部分 。
同时，新开挖了通州到大都的通惠河，这条水道 ， 可以让船只直入大都城内的积水潭 。
之所以如此，有两个重要原因，一个是在宋金之际黄河的改道 。
到了元朝初年，黄河河道从河阴向东，历开封北，转向东南，经河南杞县后达徐州，经江苏徐州、宿迁、泗阳、清江，东向入海，“夺淮入海”的交结点在今清江市之北 。
清江，也正是上图中黄河、淮水、邗沟三河的交接点 。
同时，在宋金对峙百余年之后，汴渠淤塞，河道甚至与堤岸齐平，其水运价值已经基本丧失，所以，元朝的大运河利用的水系，抛弃了这一段的渠道，而是在山东西部的汶水、泗水下功夫 。
漕路由淮河入泗水（今中运河），经济州河北达安山，再从安山西南起，分梁山泺（即梁山泊，在今山东梁山、郓城等县间）的水源北流，经寿张西北到东昌（今山东聊城），又西北达临清入御河（今卫河，原永济渠河道） ， 北运直通海河抵京郊通州 。
所以说，北段永济渠、南段邗沟、江南河的变化并不大 ， 主要的变化在于中段沟通洛阳的通济渠废弃，以及相关的水系的废弃，而直接经会通河、济州河沟通永济渠向北 。
隋朝的大运河和元代的目的、功能差异很大，所以线路也大相径庭 。
隋朝大运河的修建有两个功能和目的，第一个是将东南财赋多快好省地运入新建的都城——洛阳大兴城，第二个则是将集中在洛阳附近的军需物资源源不断送往东北前线，保障正大规模展开的对高句丽战争 。因为功能和目的都是双重的，所以隋朝运河有两个终点，即洛阳和涿郡（北京），且中途拐了个明显的折角，以便让洛阳这个中枢发挥作用 。值得一提的是，洛阳既是南方物资北运的终点，又是京畿军需北运的起点，没有证据表明，隋朝曾直接从南方将物资送到涿郡 。
这样做显然是很不经济的：虽然水运更经济 ， 但毕竟也要有成本和损耗，从江南到洛阳，再从洛阳到北京这么一番折腾，损耗大不说 ， 效率也极为低下，原本为了方便漕运而修建的大运河 ， 最终却起到“耗尽天下”、加速隋朝崩溃的意外作用，这一看似精明、实则低效的设计也“功不可没” 。
而元代的大运河目的非常单一，就是把南方的财赋送到元代的首都和政治中心——北京，因此元代运河起点、终点都各只有一个，且为了更靠近终极目的地 ， 还特意从通州到北京，修了可以让粮船直达大都城脚下玉渊潭的通惠河 。因为目标单一，元代可以更准确、周密地安排漕运班次，使漕运更高效和经济，并逐渐形成了包括复式航道、船闸、过河装置和沿线保障体系甚至漕帮在内 ， 十分复杂的“运河保障网”，使之成为维系帝国生存命脉的主血管 。虽然元代因为其它原因短命，但随后的明（迁都后）清继续依赖这条主血管生存，直到铁路时代的到来 。
【隋朝的大运河跟元朝的京杭大运河有什么不同】
之所以元以后的运河功能可以单一化 ， 效率可以倍增，是因为元、清是北方少数民族建立，根基本就在北方，明代则自成祖后“天子守国门”，这三个朝代军事主方向和政治中心高度重叠，给天子运粮和给主战场供应军需的目的地高度重叠，而隋炀帝的政治中心在洛阳，军事主方向却在东北，就没办法统一了，他后来一心迁都江都（扬州），就是想解决（把自己的政治中心迁到运河起点附近），但大臣和兵将多是西北人，加上天下大乱，结果就只能是悲剧了
