基于驰名商标使用以及注册的异化现实，新商标法对于驰名商标的定义、使用注册以及民事保护做出了创新性规定，回归了驰名商标的本源，强调了驰名商标的个案认定，被动保护的本质 。
一、驰名商标的认定问题
驰名商标的异化现象主要体现在驰名商标的认定和保护哪个是本质的错误认识上 。驰名商标保护本应体现在使用过程中发生争议时，对驰名商标的认定以及给予法律保护，是一种争议发生后的保护手段 。而在实践中 ， 很多市场主体通过各种渠道取得“驰名商标”的认定，产生了“驰名商标”认定中腐败的黑色利益链，侵害消费者利益 。
【如何判定驰名商标的在先使用和在后注册问题】
为突出“驰名商标”制度的“保护”法律本质，新商标法第13条规定“为相关公众所熟知的商标，持有人认为其权利受到侵害时，可以依照本法规定请求驰名商标保护 。”因此，在争议产生之前，“驰名商标”不能用来大肆宣传，混淆市场而获得非凡收益;而应该强调在特定商标的使用受到侵害在前，当事人可以依法请求保护在后，体现“个案认定，被动保护”原则。
此外，新商标法第14条第5款规定“生产、经营者不得将“驰名商标”字样用于商品、商品包装或者容器上，或者用于广告宣传、展览以及其他商业活动中 。”此举有助于根本上制止市场主体不诚实的借用“驰名商标”标记蒙骗市场，从而保护了消费者的利益 。
二、驰名商标的在先使用与在后注册问题
根据新商标法第五十九条第3款，新商标法并未区分原告商标注册是否存在恶意，即被告使用商标具有一定影响是否应当对原告商标申请人产生限制 。由于驰名商标被抢注现象频繁，因此有必要在此探讨驰名商标注册人的主观意识，进而讨论驰名商标的保护措施 。
新商标法第59条第3款中“有一定影响”若采用主观标准解释，说明在后注册申请人明知或者应知在先商标的使用现实，则其注册商标存在恶意 。反之，若采用客观标准解释，则在后注册人注册商标时可能是善意，也可能是恶意 。由此，有了恶意说和善意说两种解释方法 。
1.善意说假设
若采用善意说，则除了新商标法第59条第3款规定的“先于商标注册人使用”的情形外，还有于此相同本质的另一种情形被法律排除：注册人首先使用该商标，然而在其申请注册之前也有人使用该商标，两者互不知晓对方对相同商标的使用，先后使用在注册人申请注册之前已使其商标为相关公众所熟知 。由于法律排除了相同效果的另一种可能，则善意说不能成立 。
善意说不成立，但问题是在确实发生两者都是善意的情况下，如何协调双方的利益？孔祥俊庭长总结概要如下：①鼓励商标注册的立法精神，防止相关公众混淆，应当不允许在先使用商标继续使用和进行侵权抗辩 。②坚持公平原则，允许在先使用人继续使用以及主张侵权抗辩 。③折中观点，即允许在原适用范围内使用和不侵权抗辩 。
对于驰名商标，若采用第一种观点，则对在先使用人确实不公平 。虽有人认为在鼓励商标注册的立法下 ， 在先使用者不注册而失利是咎由自取 ， 然而，就法追求利益平衡的公平原则上讲，这种观点并不能得到支持 。若采取第二种观点 ， 则不利于鼓励商标注册，造成商标行政管理不便，争议增多，结果是浪费司法资源 。笔者赞同的是第三种观点，即保护在先使用人在原适用范围内使用的权利 ， 又因为在先使用人和在后注册人都是善意的，而不允许在先使用人拥有不侵权抗辩，从而达到平衡双方权益的目的 。
2.恶意说假设
若采取恶意说，则新商标第59条第3款中的“ 有一定影响” 指的是商标注册人明知或应知在先商标使用人的使用，其法律后果是“注册商标专用权人无权禁止该使用人在原使用范围内继续使用该商标 ， 但可以要求其附加适当区别标识”，即在先使用人继续享有在原适用范围内使用该商标的权利 ， 但是，恶意注册人仍可享有和使用该注册商标，并且有权要求在先使用人附加适当区别标识 。第59条关于恶意注册人的权利的肯定与新商标法第32条不得恶意抢注的规定产生冲突 。依据第32条，于在先使用人之后申请该商标注册的恶意注册人的注册申请应该不予注册或者应予无效 。
新商标法第59条第3款规定属于民事诉讼中主张的在先使用抗辩权 ， 产生在先使用人只能在原适用范围内使用该商标且可能附加区别标识的义务;而依据新商标法第32条，在先使用人可通过行政程序，是已被恶意注册的商标被宣告注册无效 ， 从而自己重新注册，继续自由使用该商标 。对于驰名商标而言，在先使用该商标的一方基于自身利益，更倾向于采用行政程序以维护自己全方位自由的驰名商标使用权 。而在后注册的恶意注册方则倾向于尝试民事诉讼的方式，将在先使用方的使用权限制而达到自己合法利益甚至隐性的不当利益 。经常出现的现象可能就是，恶意注册人提起诉讼，而在先使用人申请诉讼中止，进而申请行政程序解决问题 。这种诉讼途径最终都是促使当事人通过行政程序的途径来解决争议 。所谓的在先使用抗辩实质上仅仅是启动行政程序的一个引子，散失自身的独立价值 ， 从而降低了民事诉讼的效率 。
此外，若恶意注册人提起民事诉讼，而驰名商标在先使用人申请中止诉讼程序而申请行政程序 ， 法院由于拒绝中止在先使用人的中止请求，从而判决在先使用人只能在原先使用方位内使用;同时，商标局或者商标评审委员会作出宣告恶意注册人注册无效的行政决定 。此时，法院的判决得不到执行从而陷入尴尬境地 ， 损害司法权威 。笔者认为，在肯定当事人通过行政程序解决此争议之时，立法也应赋予法院在认定恶意注册的事实上，依照法定程序 ， 做出此恶意注册行为无效的判决，交予工商局宣告 。
