在公共卫生机构费用中，公共财政支出仅占50.7%，“致使公共卫生机构职能错位，过度依赖有偿服务，导致公共卫生服务提供不足 。”
一个国家的医疗卫生全部的资金来自哪里、如何分配、又流向何方?这是认识国情和讨论医改的基础 。
“2005年全国卫生总费用8000多亿，怎么得出这个准确数据?首先卫生总费用筹资来源和分配流向数字要对得上 。”
进行的算术在中国已经算了三十年，即卫生总费用——一国或一地区在一年内全社会用于卫生医疗服务消耗的所有资金，包括其筹集、分配和功能(使用流向)等环节 。这个国际通行指标被认为是了解一国卫生状况和问题的最有效途径之一 。现在测算的是天津卫生总费用中“疾病预防和控制”的功能，不过他明显感觉到，“县市一级好算一些，但对于直辖市、省会城市，卫生费用的功能测算到现在仍未解决好 。”
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之所以先在天津做试点研究，是因为地方政府很想了解卫生费用的实际使用情况，研究者于是反复去了多次，已近一年 。“做卫生总费用功能的测算其实这不是首次，已有5～6年时间了，以前主要在小地方做 。此次天津做得很彻底 。”
从功能角度讲，最大的是卫生费用，就是公共卫生费用和医疗费用两部分，理论上，应该将每隔5年的数字算出来，比如药费花了多少，临床住院花了多少 。
这就需要落实到具体项目，比如一个防疫站，一年运行需要100万元，但他们没有细分在计划免疫项目上花多少钱，“那我们就要算出来，这100万是怎样具体体现在这些项目上的 。”
“到最后计划免疫项目计算出来，你会发现这些具体项目每一个都不是孤立的 。它在不同部门，比如在疾病控制中心或医疗机构都能体现出来 。“
同时，各个部门花钱所做的这些具体项目，资金是哪些部门给的?最后还要落实到筹资，公共财政拨款多少，社会筹资多少，将功能和筹资状况结合起来，以便让政策制定部门掌握筹资和医疗卫生费用使用数据，这也是卫生总费用功能测算的目的所在 。
目前，卫生总费用分配是不合理的，大医院费用太多，社区卫生服务机构太少，呈倒三角 。“应该倒过来，这是分配流向得出的结论 。”“实际使用也有问题，药品费用太高，别的国家只占到医院费用的17%～18%，而我们是40%，这个费用还应该往下降 。”
居民个人卫生支出较高
不过，20年来一直延续的卫生总费用测算方法是从筹资渠道测算，它主要来自3个层面：“居民个人卫生支出、公共财政支出和以企业为基础的社会支出 。”
2005年医疗卫生总费用总数为8659.91亿元，占gdp的4.73%，卫生部卫生经济研究所出台的《中国卫生总费用研究报告2006》显示，1978～2005年，卫生总费用年均增速为11.47%，增长略快于gdp增长速度 。
同时，“卫生总费用占gdp的比重也从1978年的3.02%上升到2005年的4.73% 。”
但在这个过程中，亦有反复 。自2001年起卫生总费用出现缓慢增长趋势，到2003年增速逐渐下降，由此导致2001年和2004年卫生总费用增速低于gdp增长速度，而占gdp的比重也或高或低 。“这是由于卫生总费用占gdp比重忽高忽低，有一个滞后效应 。”
“虽然国家对医疗卫生投入加大，所占gdp比例总体有所增加，但财政支出的增加和卫生费用总量的增加幅度并不平衡 。从1978年到2005年，公共财政支出仅增加了1倍多，但医疗卫生总费用却增加了近60倍 。”“总量增加的原因是居民个人支付份额大增 。”
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