灾害对于人群健康的威胁具有一定的持续性和滞后性，尽管目前灾区均未发生传染病暴发流行，但灾后的卫生防病工作丝毫不能掉以轻心 。
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身体暴露部位涂擦驱避剂以减少叮咬，使用蚊帐、纱门、纱窗防止侵袭
在灾区防止传染病流行，主要采取控制传染源、切断传播途径等措施 。主要要考虑两方面的因素，一是环境的影响，一是气候的影响 。
不同的环境，会产生不同的传染病 。防止传染病的流行，结合当地的特点进行防控，在四川汶川地震中，要防控当地流行的莱姆病和黑热病，别让昆虫叮咬皮肤 。
其中黑热病在四川主要见于阿坝藏族羌族自治州，并以南坪及汶川两县发病数最高 。黑热病在我国许多地方已经绝迹，因抗震救灾大量救援人员进入，应高度警惕，防止死灰复燃 。
黑热病传染源是病人和病犬(癞皮狗)，通过白蛉传播 。每年5―8月为白蛉活动季节，白蛉吸吮患者的血液时，将鞭毛体注入，即可引起感染 。本病潜伏期一般为3―5个月，起病常缓慢 。起病半年后，患者日渐消瘦，并出现鼻出血、牙龈出血、贫血、肝脾肿大，皮肤变黑(故称为黑热病) 。预防的主要措施为，发现病犬后应随时捕杀，立即火化或深埋，以消灭主要传染源 。在灾区的人员，夜间可在身体暴露部位涂擦驱避剂以减少白蛉叮咬，使用蚊帐、纱门、纱窗防止白蛉侵袭 。
在临时居住点，将生活垃圾清理干净，用消毒水为废墟和街面消毒
地震造成的泥石流、岩石塌方、房屋倒塌以及人和动物尸体，会污染水源，降低水质，带来饮水卫生问题 。饮水消毒在集中供水的地方容易做到，但对于分散式饮水，卫生问题较难控制 。
【大灾后如何扼住疫病的咽喉 防疫工作要抓紧】在临时居住点，将生活垃圾清理干净，用消毒水为废墟和街面消毒 。厕所要修建在水源下游，离居住区远点 。加强对粪便和生活垃圾的管理，定期进行消毒，及时修复渗漏的厕所、粪坑 。粪便处理一定要有一个较好的收集方式，尤其是雨天，大小便如果不能很好地收集、处理，会对水源和生活环境造成污染，引发痢疾、腹泻等传染病 。
饮用水中如果微生物超标，就会造成肠道传染病的流行，消毒最为关键
保障饮水卫生是预防控制肠道传染病的关键措施 。饮用水中如果微生物超标，就会造成肠道传染病的流行，灾区用水消毒最为关键，对微生物污染严重的水源，饮水中余氯可采用世界卫生组织推荐值0.7毫克/升，强力消毒 。
鼓励群众喝开水，在没有条件的地方，推行用漂白粉及漂白粉精片对饮水进行消毒 。饮水消毒措施要落实到每个临时居住点 。要划定临时饮水水源区域，并做好水源保护工作 。及时组织对分散式和集中式饮用水水源和供水设施进行检修、清理，加强对饮用水的消毒处理，定期进行水质检验 。对水源选择和处理条件受到限制的灾区可适当放宽“感官和一般化学指标”的要求，水质应达到二级以上;特殊情况容许按三级要求处理 。微生物指标一般用消毒剂的量来测定，只要加入足量的消毒剂，水中的微生物就能保证达到饮用水的水质标准 。平时饮用水消毒剂用量是0.3毫克/升，灾区要提高到0.7毫克/升，才能消除水中的生物 。
防止水源污染，加强饮食、饮水监督 。对曾经有疫情发生的地方和可疑污染地区进行监测
四川省阿坝藏族羌族自治州、甘孜藏族自治州、凉山彝族自治州均为炭疽流行区，特别是震中所在地阿坝州为近年来炭疽病例报告较多的地区，今年1―4月全国报告53例，该州报告15例，为报告发病最多的地区 。地震波及的甘肃、青海、云南等地均有炭疽流行 。
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