公共扶手消毒不彻底，容易造成消化道传染 。采访中，有乘客抱怨：“每次摸到扶手总觉得上面黏糊糊的，回家得洗好几遍手，我有同事还专门准备了白手套坐车用 。”据了解，我国有具体消毒标准的饭店、浴池等28个行业里，公交系统并没有纳入 。一位不愿透露姓名的北京市卫生监督所工作人员说，公交系统的候车室、车厢等在法规上是属公共场所管理范围，但由于历史原因，在行政上从没规划到卫生防疫站的管理范围，实际上，公交系统的卫生除了公交公司自己，是没有相关部门管的 。
北京大学医学部公共卫生学院教授潘小川表示，公共扶手是接触人群最“杂”、最频繁的媒介，自然成了寄生虫病的主要传播渠道 。这类疾病传播几率不大，但如果在公共场所接触了虫卵，再用被污染的手吃东西，感染概率就很高了 。以痢疾杆菌为例，在地铁这种避光、相对潮湿环境中，存活时间能达几个小时，如果在此期间，有人触摸到带有致病菌的扶手等，可能被传染 。
车轮摩擦的微粒污染，会增加患癌几率 。瑞典医学教授哈恩·卡尔森表示，车轮摩擦产生的铁、沥青等有害微粒，每年会造成5000多人死亡 。其中，铁微粒更增加了患癌几率 。哈恩表示，只要保持空气流通，这些有害微粒完全能减少 。我国也有研究指出，一些大型城市地铁空气中二氧化硫、粉尘含量偏高，车站细菌总超标率则达16.67% 。
噪音污染 。世界卫生组织和美国卫生署噪音指导标准规定，普通人在噪音超过160分贝以上的环境中停留30秒钟，不利于保护听力 。美国哥伦比亚大学罗宾·葛森教授指出，纽约地铁每10个站台中就有一个站台的噪音超过100分贝 。“为不受周围噪音打扰，人们往往喜欢带着耳机听音乐，但耳机音量常介于85—90分贝，对听力伤害很大 。”
厕所较少 。地铁站内如厕难是很多乘客反映的问题 。但广东省疾控中心公共卫生研究所的《地铁卫生学预评价报告》表明，卫生间如建在密闭的地铁站台内，所产生的气味、微生物污染易进入整体空气循环系统，对空气质量造成负面影响 。因此他们建议把卫生间建在主要的换乘站、车站进出口附近 。
心理影响 。调查显示，55.42%的人在拥挤的地铁中有点儿不耐烦，35.78%的人极其烦躁，仅8.8%的人心理没受到什么影响 。北京回龙观医院心理科医生赵晨滨告诉采访人员，拥挤的地铁一定会影响心理健康 。人处于拥挤、空气流通不畅的环境中，往往会出现明显的焦虑情绪，相当于一部分人感到愤怒和无助 。也因此，常处在高密度环境下的人，血压可能偏高，儿茶酚胺含量升高，肾上腺分泌提高 。一般来说，男性的消极情绪比女性更明显 。
地铁环境中的种种健康隐患，同样引起了各国政府的重视 。北京近年来的地铁环境不但有了很大改善，还渗透着人文关怀 。在北京地铁五号线车厢内，随处都可看到人性化的细节，比如，车站内到处贴有易识别的安全标识;车厢内铺设的是橡胶材质的防滑地面;显示屏播出了列车到站倒计时时间;换乘通道采用国际化标准，增加水平自动扶梯，缩短换乘时间 。
“其实，无论从车站、车厢设计，还是安全方面，我国地铁都不比国外差 。”原北京市交管局副局长段里仁告诉采访人员，国外地铁已发展了近 150年，而我们还不到40年，拥堵是各国大力发展公共交通过程中不可回避的问题 。“政府已认识到这是公益性事业了，我们应更关注它的发展，不要一味挑剔 。”
采访人员了解到，各国在缓解地铁拥堵方面有着很多值得我们借鉴的妙招 。
日本东京是全球人口密度很高的城市，这座城市里有着20多条地铁线路 。为缓解人多拥挤，相关部门采取了很多措施——上下班高峰时，地铁工作人员会把车厢里的座椅折起来，以腾出更多空间供人站立 。东京银座车站有3条地铁交叉，33个出入口，做到了很好的分流 。此外，为了避免由于人多拥挤，导致女士们遭受非礼，日本地铁专门在上班高峰时期设置了女性专用车厢 。
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