在1949年，查尔斯·斯腾伯格（Charles Mortram Sternberg）首次对这假设提出质疑，并基于头颅与角的特征，而认为三角龙与无鼻角龙、开角龙关系较近，使得三角龙属为三角龙亚科（尖角龙亚科） 。然而，斯腾伯格的分类与约翰·奥斯特伦姆（John Ostrom）、大卫·诺曼（David Norman）将三角龙置于尖角龙亚科不同 。
后来的发现与研究支持了斯腾伯格的观点，Lehman在1990年为两个亚科定义，并基于数个形态上的特征，而将三角龙归于角龙亚科 。事实上，除了短头盾以外，三角龙相当符合角龙亚科的特征 。彼得·达德森（Peter Dodson）在1990年的亲缘分支分类法研究与1993年的形态学研究，加强三角龙归类为角龙亚科的论点 。
编辑本段种系发生学
在种系发生学的分类中，三角龙通常作为恐龙定义中的一个参考点；恐龙被定义为三角龙与新鸟亚纲（现代鸟类）与共同祖先，的所有后代 。而鸟臀目的定义为：所有亲缘关系与三角龙接近，而离现代鸟类较远的拥有共同祖先之物种 。
编辑本段起源
很多年来三角龙的起源非常不明确 。在1922年，新发现的原角龙被亨利·费尔费尔德·奥斯本（Henry Fairfield Osborn）认为是三角龙的祖先 。然而，近年来发现数种与三角龙祖先有关系的物种 。发现于90年代晚期的祖尼角龙，是角龙下目中已知最早有额角的恐龙 。而2005年发现的隐龙，是目前已知唯一的侏罗纪角龙下目恐龙 。
这些新发现非常重要，并描绘出角龙类恐龙的起源 ， 它们起源于侏罗纪的亚洲，而真正有角的角龙类出现在晚白垩纪之初 。三角龙越来越常被认为是角龙亚科的一个成员，三角龙的祖先可能外表类似开角龙，开角龙生存时间早于三角龙约500万年 。
编辑本段发现与种
第一个被命名为三角龙的标本，是在1887年发现于科罗拉多州丹佛市附近，由一个头颅骨顶部，与附着在上面的一对额角所构成 。这个标本被交给奥塞内尔·查利斯·马什（Othniel Charles Marsh），他认为该化石的所处地层年代为上新世，而该化石属于一种特别大的北美野牛，因此将它们命名为长角北美野牛（Bison alticornis） 。第二年，马什根据一些破碎的化石，发现了有角恐龙的存在，因此建立了角龙属；但他仍认为长角北美野牛是种上新世的哺乳类 。直到第三个更完整的角龙类头颅骨，才改变他的想法 。这个由约翰·贝尔·海彻尔（John Bell Hatcher）在1888年于怀俄明州兰斯组发现的标本，起初被叙述成角龙属的另外一个种，但马什经过熟虑之后，他将这个标本命名为三角龙（Triceratops），并将原本的长角北美野牛改归类于角龙的一个种（后来也成为三角龙的一种） 。三角龙的结实头颅骨使得许多头颅骨被保存下来，允许科学家们研究不同种与个体间的变化 。除了科罗拉多州与怀俄明州之外，随后在美国的蒙大拿州与南达科他州、加拿大的亚伯达省与萨克其万省也发现了三角龙的化石 。
种：
在三角龙第一次被命名的前十年内，发现了不同的头颅骨 ， 这些骨骸与马什最初命名的恐怖三角龙（T. horridus）头颅骨有或多或少的不同；恐怖三角龙的种名horridus在拉丁语中其实意为「凹凸不平的」，意指原型标本的凹凸不平表面，该标本后来被确认为老年个体 。这些头颅骨的差异可归类出三种不同尺寸，这些差异来自于不同年龄与性别的差异 ， 以及化石化过程中的不同程度或压力方向 。这些不同头颅骨被命名为个别的种（可见于以下列表），并形成数个系统发生学研究 。
鲁尔发现这些种可分为两个生物群，但他并没有说明如何分辨它们；其中一群由恐怖三角龙、T. prorsus、短角三角龙（T. brevicornus）所构成 ， 另一群由T . elatus、T. calicornis所构成 。锯齿三角龙（T. serratus）与扇形三角龙（T. flabellatus）则不属于这两个生物群 。在1933年 ， 鲁尔将之前他与海彻尔、马什先后完成的角龙下目专题论文重新出版，他维持原本的两个生物群与两个未定种的分类法，并增加了第三个支系，由钝头三角龙（T. obtusus）与海氏三角龙（T. hatcheri）所构成，特征是非常小的鼻角 。恐怖三角龙、T. prorsus、以及短角三角龙所构成的生物群，此时被认为是最传统的支系，头颅骨较大 ， 鼻角较小 。而T. elatus、T. calicornis所构成的第二个生物群，有大型额角与小型鼻角 。查尔斯·斯腾伯格作了些调整，他将宽头三角龙（T. eurycephalus）视为第二与第三个生物群之间的连结，而非恐怖三角龙所属的第一生物群 。这个分类法持续用到80年代与90年代 。
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