革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌在化学组成和生理性质上有很多差别，染色反应不一样 。现在一般认为革兰氏阳性菌体内含有特殊的核蛋白质镁盐与多糖的复合物，它与碘和结晶紫的复合物结合很牢，不易脱色，阴性菌复合物结合程度底 ， 吸附染料差，易脱色，这是染色反应的主要依据 。
另外 ， 阳性菌菌体等电点较阴性菌为低，在相同PH条件下进行染色，阳性菌吸附碱性染料很多，因此不易脱去 ， 阴性菌则相反 。所以染色时的条件要严格控制 。例如，在强碱的条件下进行染色 ， 两类菌吸附碱性染料都多，都可呈正反应；PH很低时，则可都呈负反应 。此外，两类菌的细胞壁等对结晶紫―碘复合物的通透性也不一致，阳性菌透性小 ， 故不易被脱色，阴性菌透性大，易脱色 。所以脱色时间，脱色方法也应严格控制 。
革兰氏染色法一般包括初染、媒染、脱色、复染等四个步骤，具体操作方法是：
1）涂片固定 。
2）草酸铵结晶紫染1分钟 。
3）自来水冲洗 。
4）加碘液覆盖涂面染1分钟 。
5）水洗，用吸水纸吸去水分 。
6）加95%酒精数滴，并轻轻摇动进行脱色，30秒后水洗，吸去水分 。
7）蕃红梁色液（?。┤?0秒钟后，自来水冲洗 。干燥 ， 镜检 。
染色的结果，革兰氏正反应菌体都呈紫色 ， 负反应菌体都呈红色 。
如果有可能，找本细胞的书看看，会有，最好是实验用书 ， 会详细有方法的介绍 。
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