苦杏仁中毒机理主要是由于苦杏仁苷被肠道菌群中的β-葡萄糖苷酶水解，产生氢氰酸而被吸收 。氰离子能与细胞色素氧化酶的三价铁（Fe3+）结合，阻断了氧化呼吸过程中电子的传递，致使血红蛋白丧失携氧能力，最后组织细胞因缺氧而窒息 。
但少量的氢氰酸有抑制咳嗽中枢的作用，这也是苦杏仁镇咳的机制 。
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